在临床上诊断感染性发热，一般分三步走，即先定性，再定位，最后确定病原体。定性即通过常规检查初步判定是否是感染性发热；定位是结合临床症状和X线、超声、脑电图、CT、MRI、PET/CT等检查进一步确定那个部位的感染；最后根据病原学培养或分子生物学方法确定感染的具体病原体。
（1）细胞内感染 细胞内感染常见的病原体包括病毒、立克次体、支原体、衣原体和部分细菌和部分寄生虫等。细胞内感染患者白细胞、CRP，ESR等常见的炎症指标升高并不明显，难与非感染性发热疾病鉴别，但白介素-8、前降钙素等炎性指标有助于与非感染性发热疾病鉴别。
（2）细胞外感染 细胞外的感染主要包括大部分细菌、真菌、部分寄生虫感染等。这些感染性发热又根据病原体侵袭不同部位具有不同临床特点。